W 1301 r. Piotr Święca zdobył od polskiego króla Wacława II 2 wsie: Bysław  i Cekcyn, co poświadcza istnienie wyżej wspomnianych wsi. W 1309 r. Cekcyn został zajęty przez Krzyżaków Pomorza Gdańskiego. W 1347 r. istniała w Cekcynie parafia pod wezwaniem Znalezienia Krzyża Świętego. Po podpisaniu II pokoju w Toruniu, które miało miejsce w 1466 r., Cekcyn powrócił pod władanie Królestwa Polskiego. Cekcyn był dobrze prosperującą wsią, aż do czasu potopu szwedzkiego, kiedy nastąpił upadek gospodarczy Cekcyna (1655 r.).
W 1687 roku powstała w Cekcynie szkoła parafialna, z kolei w 1740 roku działalność rozpoczęła we wsi Cekcyn huta szkła nad jeziorem cekcyńskim. Po pierwszym rozbiorze Polski Cekcyn znalazł się w zaborze pruskim, 7 lat później włączono go do do Królestwa Pruskiego. W 1850 ks. biskup Antoni Sedlag ponownie utworzył parafię cekcyńską, która swym zasięgiem objęła 25 okolicznych miejscowości. W latach 1869-1870 powstał do dziś istniejący kościół katolicki po d wezwaniem Podwyższenia Krzyża Świętego.
W 1873 roku nastąpił ciężki czas dla mieszkańców Cekcyna – wybuch epidemii cholery, której pierwszą ofiarą padł ks. Franciszek Zaporowicz. Po tych wydarzeniach zdecydowano postawić  we wsi figurkę św. Rocha, która miała chronić mieszkańców przed epidemią. Dwa lata później Cekcyn znalazł się w granicach nowo utworzonego powiatu tucholskiego. Po pierwszej wojnie światowej Cekcyn powrócił do państwa polskiego. W tym samym czasie powstał we wsi zakład stolarski, którego właścicielem został Alojzy Kujawa. Zakład zajmował się produkcją artystycznie rzeźbionych mebli. Radcą duchownym i zarazem proboszczem w Cekcynie został w 1938 r. ks. Cyryl Karczyński, który rok później, w wyniku wybuchu II wojny światowej został aresztowany przez hitlerowców. Koniec okupacji hitlerowskiej w Cekcynie przypada na datę 14 lutego 1945 r. W tym samym roku wznowiono w Cekcynie nauki w języku polskim. Pod koniec lat 40. otworzono we wsi Ośrodek Zdrowia, wybudowano drogę Cekcynek – Rudzki Most, otwarto także świetlicę wiejską i przedszkole, a także utworzono Gminną Bibliotekę Publiczną w Cekcynie.